Para alcanzar la visión y cumplir con la misión de la Caja Bancaria Estatal de Salud, se han identificado los siguientes Objetivos Estratégicos que se apoyan en tres ejes estratégicos: Prestaciones Integrales en Salud, Infraestructura - Equipamiento, y Gestión Administrativa Eficiente, y que se articulan a los Objetivos Estratégicos del Plan Sectorial de Desarrollo Integral Para Vivir Bien 2016-2020 del Sector Salud.

Los Objetivos Estratégicos considerando el Enfoque Político Institucional son:

· Fortalecer los servicios de salud para brindar prestaciones integrales de salud a su población protegida, mediante la prevención de enfermedades y promoción de la salud, ampliando la capacidad resolutiva a través del reclutamiento y dotación de recursos humanos calificados, insumos oportunos, infraestructura adecuada para consulta externa y hospitalización, y equipamiento médico de última tecnología.
· Incrementar la Infraestructura de la Caja Bancaria Estatal de Salud en el primer nivel de atención en salud.
· Desarrollar una gestión integrada administrativa, eficiente y transparente enfocada la reducción en la burocracia institucional.